Lorsque Naruto a créé les Rasen-Shuriken, la technique n'était qu'à moitié achevée. Elle n'était pas assez stable pour être lancée, alors Naruto a dû l'utiliser comme une attaque en mêlée comme le Rasengan standard. Cependant, le contrecoup du jutsu est extrêmement dangereux.
Quand le Rasen-Shuriken frappe, il se dissout en une véritable armada de lames de vent microscopiques qui attaquent chaque cellule du corps de l'adversaire, coupant le réseau de chakras de la victime. Cependant, en raison de sa proximité avec le point d'impact, Naruto subit des séquelles similaires dans le bras qui a utilisé cette technique. Bien que les dommages causés au réseau de chakras ne soient pas aussi graves, s'ils étaient trop importants, Naruto serait définitivement incapable de modeler les chakras.
Cependant, après que Naruto ait appris à entrer en mode Sage, il peut utiliser le chakra Sage pour stabiliser la forme du Jutsu, lui permettant d'être lancé comme un vrai shuriken. Cela est également vrai lorsque Naruto prend le contrôle du chakra des neuf queues.
En tant que technique à longue portée, le Rasen-Shuriken ne présente plus aucun danger pour Naruto.