J'ai trouvé ceci sur la page Wikipedia de Rurouni Kenshin : Réflexion
Kenshin finit par être ravagé par une maladie inconnue qui ressemble beaucoup à la lèpre (les auteurs ont admis qu'il n'y a aucune explication médicale à l'état de Kenshin [citation nécessaire]). Pour partager sa douleur, Kaoru convainc Kenshin de lui transmettre la maladie par des rapports sexuels.
La lèpre n'est pas une MST mais peut se transmettre par contact physique avec une personne infectée. Comme on dit que la maladie ressemble beaucoup à la lèpre, elle aurait pu lui être transmise lorsqu'elle était avec lui.
En ce qui concerne la canonicité, l'histoire n'a pas été écrite par Nobuhiro Watsuki. Je ne sais pas si cette histoire a été considérée comme canonique ou non, mais ce qui suit est une citation de la Wikipedia
Bien que Samourai X : Reflection n'a pas été écrit par Watsuki, il a déclaré avoir “vérifié le scénario”[5]. Watsuki a mentionné ne pas avoir eu d'apport dans le scénario, et a laissé le réalisateur “se défouler avec lui”. En réaction à la mort de Kenshin par rapport à la fin heureuse de la version manga, il a estimé que son propre travail aurait fini par atteindre la mort de Kenshin s'il avait continué à écrire. Il n'avait pas souhaité poursuivre dans cette voie car “Kenshin a traversé tant de merdes et méritait une fin heureuse”. Il estimait qu'aucune des deux versions n'était meilleure que l'autre parce que “c'est une question de goût personnel”[5].