Il ne semble pas qu'il y aura une nouvelle suite à Gemini, mais on parle beaucoup en ligne d'une troisième saison qui est une préquelle qui se déroule en Amérique du Sud pendant l'incident de la Porte du Ciel.
Quant à vos autres questions, elles trouvent toutes une réponse dans l'anime. La première saison fournit une bonne base pour comprendre la série, mais pour comprendre la conclusion pour Gémeaux, vous devez prêter attention aux dialogues dans les OVA et ensuite vous devriez probablement revoir Gémeaux, et ensuite vos questions devraient trouver une réponse. Contrairement à la critique populaire, la série répond à de nombreuses questions que la plupart des gens finissent par se poser, et que vous pourriez aussi bien avoir. En gros, imaginez que les Poupées sont comme un déluge comme dans l'histoire populaire de l'Arche de Noé. Elles sont en constante évolution (remarquez combien le Yin change) et sont envoyées pour remplacer les humains par un être supérieur (remarquez la Porte du Ciel et la Porte de l'Enfer, celles-ci n'ont pas été utilisées juste parce qu'elles ont l'air cool).
Les entrepreneurs sont comme des poupées ratées. Ils sont rationnels comme les poupées, mais trop pleins d'émotions comme les humains. C'est pourquoi Yin, qui s'est avéré être la Poupée la plus évoluée, essayait de remplir ce but de remplacement des humains. Rien de tout cela ne vous est dit, tout est sous-entendu à partir de conversations spécifiques (dont la plupart sont dans l'OVA, en particulier les dix dernières minutes du dernier épisode, et la deuxième saison, pas la première).
Quant à l'identité du garçon, si vous notez dans la deuxième saison, vous découvrirez que la fille aux cheveux roux est un clone de son frère jumeau qui est entrepreneur. La seule chose est que ses clones ne sont pas parfaits, puisqu'elle a été clonée en tant que fille et non en tant que garçon. Le garçon qui apparaît à la fin est un clone de Yin (remarquez que ce n'est pas un clone parfait puisque c'est un garçon) qui est la progéniture du nouveau monde, c'est pourquoi ils voulaient que le garçon commence avec.
Ce développement de Poupées remplaçant les humains comme prochaine forme d'évolution dans l'histoire de l'humanité est similaire à Elfin Lied, où les gens doivent être remplacés par les créatures de la série, et Guilty Crown, où la prochaine forme d'évolution pour les humains est une forme immortelle, semblable à un cristal, où la conscience et les souvenirs des humains résideront.
Il y a plus à expliquer, mais je n'ai pas vu la série depuis un certain temps, alors je vous recommande simplement de la revoir, et n'oubliez pas que la plupart de vos questions trouveront une réponse. Faites simplement attention aux conversations qui se tiennent et pas tellement aux scènes d'action. PS : Je suis presque sûr que le manga Darker than Black : Shikkoku no Hana se déroule après la première saison et avant l'OVA, ce n'est pas un remplacement de Gemini. De plus, vous pouvez le lire parce qu'ils parlent un peu de l'évolution des poupées dans le manga.